Los primeros pobladores que habitaron las tierras del actual Municipio de Ensenada fueron descendientes del trono blingüístico de los Yumanos que se dividían en varios grupos indígenas (Cucapás, Kiliwas, Kumiai, Paipais y Cochimíes)
El 2 de marzo de 1804, el alférez José Manuel Ruiz le pidió al gobernador Joaquín de Arrillaga un terreno cerca de la bahía. El gobernador accedió. Posteriormente, el 5 de julio de 1805, el sargento Estanislao Salgado hizo el deslinde del predio. El 30 de abril de 1806, el gobernador notificó la cesión al alférez Ruiz. El terreno amparaba dos sitios de ganado mayor, equivalentes a unas 3510 hectáreas, que limitaban al oeste con el litoral del Pacífico, al este hasta la serranía, al sur con lo que hoy es Maneadero y al norte con el Arroyo del Carmen.Fue así que José Manuel Ruíz se convirtió en el primer colono de Ensenada. Cuyo nombre se encuentra en una de las calles principales de la ciudad.
La región sufrió una invasión el 29 de noviembre de 1853 por William Walker y acompañantes quienes querían formar una República independiente de México con el nombre de Sonora-Baja California, pero el heroico Antonio Meléndrez logro y rancheros ensenadenses lograron expulsarlos hasta la línea fronteriza.
Ensenada surge y toma significado gracias al descubrimiento de algunas minas en el Valle de San Rafael. A principio de 1873 se descubrió oro en el sitio denominado Japa, 50 kilómetros al este de Real del Castillo; ello provocó un desplazamiento de varios de sus habitantes hacia dicho punto y de personas de origen mexicano procedentes de la Alta California . Buscadores de oro norteamericanos cruzaron y los pocos pobladores de Baja California migraron al naciente lugar. Para agosto, el lugar tenía más de 400 gambusinos buscando el preciado material. Gracias a eso, comerciantes del puerto de San Diego abrieron sus tiendas en el poblado y corrían líneas de diligencia entre la bahía de San diego y las minas. El lugar contaba con más de 1500 habitantes para 1875. Con el tiempo, Ensenada se convirtió en la vía de entrada de mercancías y provisiones de San Diego y San Francisco, con destino a los centros mineros. Sin embargo, tres años después las minas decayeron y la fama de Real del Castillo fue declinando.
El 15 de mayo de 1882 se dice la fecha oficial de la fundación de Ensenada, por decreto del Presidente Don Porfirio Díaz declara que la cabecera del partido norte de Baja California pasa del Real del Castillo a Ensenada de Todos Santos. Ante el creciente auge del Territorio de la Baja California, por decreto presidencial del general Díaz, de 14 de diciembre de 1887, la península se dividió en dos distritos: Sur y Norte, y Ensenada fue designada cabecera de este último.8 En 1915 Ensenada deja de ser cabecera de distrito para ser trasladada a Mexicali.
Veinte años más tarde, el señor Ruiz traspasó la propiedad a su yerno Francisco Xavier Gastélum. Después de sucesivos traspasos y ventas, el 17 de marzo de 1887, el terreno quedó en poder de la Compañía Internacional de México. Posteriormente, la señora María Amparo Ruiz de Burton, nieta de Don José Manuel Ruiz, entabló un litigio en contra de la compañía demandando la propiedad del terreno. El juicio fue prolongado y obtuvo celebridad internacional. Al final del mismo, la señora María Amparo Ruiz perdió el litigio.
En el año de 1930 El distrito Norte cambia a territorio constituido por 3 delegaciones: Mexicali, Tijuana y Ensenada. El 16 de enero de 1952 se publica el decreto de Creación del Estado de Baja California con cuatro Municipios: Mexicali, Tecate, Tijuana y Ensenada.
En 1949 fue comprado el hotel Riviera Pacífico por el Lic. Alfonso Rocha Espinosa y su hermano Pedro Rocha Espinosa. En esa época fue visitado varias veces por el presidente Miguel Alemán, artistas internacionales y personalidades de la política. Este hotel, fue expropiado injustamente por el gobernador Braulio Maldonado, quien por intereses personales generó una serie de problemas con el fin de obtenerlo, debido a esto el hotel quedó casi destruido, despojado de sus muebles de fina madera importada por el saqueo de los trabajadores enviados por el gobernador para robar y de los trabajadores de hoteles existentes de esa época; por lo que la familia Rocha tuvo que dejar el hotel, abandonándolo y dejando Ensenada para dirigirse al Distrito Federal.
El 26 de enero de 2007 el Papa Benedicto XVI erigió la diócesis de Ensenada con territorio desmembrado de la Arquidiócesis de Tijuana y de la diócesis de Mexicali, haciéndola sufragánea de la Iglesia metropolitana de Tijuana. El P. Sigifredo Noriega Barceló es su primer Obispo. Dato curioso: Hubo un simulacro de Guerra en Ensenada en 1945, allá por donde ahora es la calle Ambar. Participaron Zepelines y radares. Era la época de la Segunda Guerra Mundial.
